O fato é… o Discourse não é construído com Bootstrap. Portanto, o que você deseja alcançar envolverá muita fricção.
Há mais de 400 botões usados na interface do Discourse. Se você alterasse suas classes padrão, acabaria tendo que sobrescrever quase 200 templates, e isso apenas para Handlebars. Isso se tornaria um pesadelo de manutenção.
Uma abordagem mais razoável é redefinir os estilos dos botões que você não vai usar e ajustar o restante com base nos estilos de botões do Bootstrap.
Os estilos base para todos os botões no Discourse podem ser encontrados aqui: