Só para confirmar, você está usando o botão de alternância Claro/Escuro no núcleo ou o antigo componente de tema Customization > Theme component?
Além disso, há logotipos para os temas Claro e Escuro, tanto para desktop quanto para dispositivos móveis.
Se você estiver usando um dispositivo móvel, talvez precise fazer o upload dos dois logotipos na seção de logotipo móvel dessa página, conforme mostrado na sua imagem. Se não me engano, caso nenhum logotipo seja carregado, o sistema usará o logotipo principal (o primeiro da sua imagem) para os logotipos não carregados.