Entendi o que você quer dizer. Fiz um pequeno screencast para demonstrar isso.
A mesma coisa acontece no meu site (e aqui no meta), mesmo com o seletor na barra lateral. Acontece de ser um pouco menos feio porque as cores são mais próximas, e o botão não é tão proeminente no cabeçalho como no seu caso.
Provavelmente é uma correção de design bem pequena para evitar isso e concordo que é uma boa ideia.