Versão com tema escuro que herda o tema claro + substitui partes?

Suporte ao Produto
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Isso deveria ser common/color_definitions.scss.

E em common.css, os valores de fallback são os mesmos que o valor inicial, então você pode simplesmente usar:

.nav-pills>li>a:hover {
  background-color: var(--custom-nav-pills-bg);

  &:not(.active) {
    color: var(--custom-nav-pills);
  }
}