Linode内でのアップデート作業中に、データベースファイルがサーバーと互換性がない問題が発生

Dockerのバージョンを確認していただけますか?推奨バージョン 24.0.7 より古いバージョンの場合は、Dockerをアップデートしてから再度お試しください。

別のトピックでも同様の問題が報告されており、Dockerのアップデートで問題が解決したようです。