そうだと思います。サーバー作業にはかなり慣れているのですが、Let’s Encrypt が登場してからはあまり活動していなかったため、もしセットアップがそのまま動作するものなら、ドキュメントに証明書の取得に関するセクションがあるはずだと勝手に思っていました。しかし、そのようなセクションがなかったので、別のステップで行う必要があると判断しました。そのページには、./disource-setup コマンドの出力以外に Let’s Encrypt に言及する箇所は何もありません。もしかすると、「Discourse 設定の編集」セクション（コマンド実行前）に、「HTTPS を使用したい場合は Let’s Encrypt 欄に何らかの情報を入力する必要があります」といった注記を追加すると良いかもしれません。私はそのページで HTTPS 関連の情報を探そうとはしましたが、「https」という文字列が見つからなかったため（Ctrl+F で検索）、そこに記載されていないと誤解しました。「https」や「cert」で検索しても該当する箇所がなかったため、別の手順が必要だと推測したのです。
正直に言うと、もし私がより頻繁にウェブサイトのホスティング作業を行っていたなら、Let’s Encrypt にもっと早く気づき、すぐに状況が理解できたでしょう。もしかすると、「必要なもの」セクションに、Let’s Encrypt に関連するメールアドレスの記載があれば、より分かりやすかったかもしれません。
これを批判的に受け取ってほしくありません。ドキュメント自体は素晴らしいものであり、問題の原因は私の人間によるミスでした。