Ter uma configuração semelhante a ‘excluir logs de e-mail após X dias’, mas para notificações (exclusão permanente) seria muito útil - com o padrão sendo 0 (desativado/manter para sempre).
Embora seja bom ter um histórico completo de notificações, o valor delas diminui significativamente com o tempo e elas são um tanto efêmeras. Mas podem ocupar um espaço considerável no banco de dados, proporcionalmente a todo o resto.
Pelo que entendi, é bastante comum que plataformas de mídia social não armazenem notificações indefinidamente - geralmente na faixa de semanas a meses.
Meu pobre servidor está sendo sobrecarregado e o espaço em disco está enchendo rapidamente. 
Espero que isso seja considerado! 
Referência: 2.8b notifications - is hard deleting old alerts/notifications from the database possible?