Rails コンソールでのユーザー削除

その通りです。スタッフユーザーは削除できません。ユーザーを削除するには、まず管理者権限を剥奪する必要があります。

u = User.find_by_username_or_email("ex@example.com")
u.admin = false
u.moderator = false
u.save
UserDestroyer.new(Discourse.system_user).destroy(u, delete_posts: false)