サブフォルダーにインストールする場合は、Discourse をそれに合わせて設定する必要があります。そうでなければ、サブドメインかサブフォルダーへのトラフィックを提供しているかを Discourse が判断する方法はありません。
リンクをサブドメインに指すことで、期待通りに正しい動作をしています。何らかのリダイレクトが設定されていた可能性はありますが、あなたのフォーラムがどのように設定されていたかは把握していません。まず、Discourse 以外で変更されたもの（プロキシやリダイレクトなど）に問題がないか確認してみてください。すべて問題ない場合は、以下の推奨方法に従って、サブドメインでの利用をフォーラムに設定してみてください。