Uma teoria é que talvez topic_users.bookmarked esteja de alguma forma dessincronizado. Se você identificou um tópico problemático, pode tentar consultar a tabela topic_users para a combinação de usuário/tópico que você encontrar e ver se bookmarked é verdadeiro ou falso?
Além disso, estou curioso para saber se o novo recurso experimental /filter mostra os tópicos “ausentes” com in:bookmarked, por exemplo, Discourse Meta. Você pode tentar isso também e nos informar?