Meines Erachtens sollte nie etwas ein iframe-Element verlassen, daher ging ich immer davon aus, dass das iframe selbst auf irgendeine Weise falsch positioniert wurde. Es könnte aber auch sein, dass die Größe des iframes, das (von GAM) platziert wird, in einem seltsamen Szenario falsch ist.
Könntest du teilen, wie ihr das mit CSS gelöst habt, um zumindest zu verhindern, dass überdimensionierte Banner den Seiteneinhalt überdecken? Dass eine solche Lösung funktioniert, könnte bereits ein Hinweis darauf sein, was genau passiert.