インストールされるのはDockerのみです。
問題なさそうです。
app.yml は discourse-setup によって作成されます。ポートにアクセスできない場合、discourse-setup を実行することはできませんが、ソースを読めば ./discourse-setup --skip-connection-test を実行してそれでも実行できることがわかります。
Nginx が Let’s Encrypt を担当するため、Let’s Encrypt のテンプレートをコメントアウトする必要があります。これは、上記および以下のリバースプロキシのトピックで説明されていると思われます。
Using Nginx Proxy Manager to manage multiple sites with Discourse または Run other websites on the same machine as Discourse (すでにリンクされています) を参照してください。