A única coisa que ele instalará é o docker.
Parece bom.
O app.yml é criado pelo discourse-setup. Você não pode executar o discourse-setup se ele não conseguir acessar as portas, mas se você ler o código-fonte, verá que pode executar ./discourse-setup --skip-connection-test e executá-lo mesmo assim.
Seu nginx será responsável pelo let’s encrypt, então você vai querer comentar o template do let’s encrypt. Suspeito que isso seja descrito no tópico do proxy reverso vinculado acima e abaixo.
Veja Usando o Nginx Proxy Manager para gerenciar vários sites com Discourse ou Execute outros sites na mesma máquina que o Discourse (que já foi vinculado).