サーバーが削除された場合、S3やデジタルスペースにバックアップがあれば削除されなかったでしょう（それらも削除されない限り）。サーバーにバックアップが含まれていたため、それらも失われました。DigitalOceanがサーバーのバックアップを作成していた可能性もありますが、それらにも費用がかかるため、作成しなかったか、それらも削除してしまったと推測します。
サイトを管理したい場合は、信頼できる会社から独自のVMまたはホスティングを購入する必要があります。
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