Você não precisa usar esse comando, pois o discourse-setup fará isso automaticamente.
Você não precisa criar /var/discourse, pois o comando git clone https://github.com/discourse/discourse_docker.git /var/discourse criará o diretório se ele não existir.
Atualizei as instruções neste PR:
Foi sugerido que você está usando o Cloudflare na frente do seu Discourse (a nuvem laranja está ativada). Isso é verdade? Use o Cloudflare apenas para DNS, caso contrário, isso causará problemas.
Talvez o INSTALL-cloud e/ou o discourse-setup também devam alertar sobre isso.