Könnte das Problem außerhalb von Discourse selbst liegen?
Zum Beispiel könnte app.yml als Bind-Mount auf ein Host-Verzeichnis gemountet sein, oder es gibt einen impliziten Bind-Mount vom Container zum Host, und dieses Host-Verzeichnis wird weiterhin von etwas wie aws s3 sync, rclone, einem Cron-Job oder einem Backup-Skript mit dem alten S3-Bucket synchronisiert/gesichert.
Wenn app.yml nicht mehr auf die alten AWS/S3-Einstellungen verweist, würde ich als Nächstes den Host auf geplante Jobs oder Synchronisierungsskripts überprüfen.