Discourse 自体以外に原因がある可能性はありませんか？
例えば、app.yml がホストディレクトリへのバインドマウントになっている場合や、コンテナからホストへの暗黙的なバインドマウントが存在し、そのホストディレクトリが aws s3 sync、rclone、cron ジョブ、バックアップスクリプトなどの何かによって、古い S3 バケットと引き続き同期またはバックアップされている可能性があります。
もし app.yml がもはや古い AWS/S3 設定を参照していないのであれば、次にホスト上のスケジュールされたジョブや同期スクリプトを確認することをお勧めします。