Não estamos lidando com o valor de sessão saml_uid no nosso plugin. Isso é tratado pelo próprio gem omniauth-saml. Portanto, não tenho certeza do motivo pelo qual você tem um valor vazio em session["saml_uid"]. Talvez seja necessário relatar o problema no gem omniauth.
Além disso, nenhum dos clientes relatou um problema no SLO até agora.