Não testei isso, mas tenho quase certeza de que funcionará:
hooks:
after_code:
- exec:
cd: $home/plugins
cmd:
- rm -rf discourse-subscriptions
- git clone https://github.com/yourForkUser/discourse-subscriptions
Como isso é executado a partir do diretório de plugins, ele removerá o discourse-subscriptions que agora está incluído no core e o substituirá pelo que você sempre usou antes. Portanto, adicionar apenas esse rm -rf ao seu app.yml antes do seu git clone (para este ou qualquer outro plugin que você não queira incluído ou queira substituir) deve fazer o que você deseja e substituir o plugin core pelo seu fork.