Sim, parece haver uma incompatibilidade com o R2.
Não testado, mas você pode tentar isso:
As variáveis de ambiente são definidas no app.yml do seu contêiner, dentro do bloco env — o mesmo local onde você já tem coisas como DISCOURSE_S3_ACCESS_KEY_ID. Basta adicionar as duas variáveis lá:
env:
LANG: en_US.UTF-8
# ... suas variáveis existentes ...
DISCOURSE_S3_BUCKET: seu-bucket-r2
DISCOURSE_S3_ACCESS_KEY_ID: ...
DISCOURSE_S3_SECRET_ACCESS_KEY: ...
DISCOURSE_S3_ENDPOINT: https://<account>.r2.cloudflarestorage.com
# Correção para incompatibilidade de checksum do Cloudflare R2 com o aws-sdk-s3
AWS_REQUEST_CHECKSUM_CALCULATION: when_required
AWS_RESPONSE_CHECKSUM_VALIDATION: when_required
Em seguida, reconstrua o contêiner:
./launcher rebuild app