Let's Encrypt の DNS 認証とは?

何でも可能です。コンテナ内で変更を加えて acme にその処理を行わせることはできるはずです。その手順を説明する公式ドキュメントは存じ上げていません。./launcher enter appを実行して変更を加えることができますが、その変更はコンテナを再ビルドするまで有効です。また、app.yml に項目を追加することで再ビルド時にそれらの変更を適用することも可能ですが、その場合、サポートされるインストール状態からは大きく逸脱することになります。