Isso é frustrante. Desculpe. As instruções parecem corretas para mim, mas é o tipo de coisa em que, se você der um passo em falso, não funciona.
Você vê os arquivos se entrar no contêiner e olhar em /shared/?
Você pode burlar o limite do Let’s Encrypt se fizer Configurando o Let’s Encrypt com Múltiplos Domínios.