どのような変更をご希望か、もう少し詳しく教えていただけますか？
DiscourseチームとRuby & Rails（など）のアーキテクトは、プラグインでコードを変更できるように多大な努力を払ってきました。
プラグインやテーマコンポーネントの変更がコンテナの再構築後も維持されることが、その目的です。
コードの変更にRuby APIが含まれる場合は、こちらから始めてください: Developing Discourse Plugins - Part 1 - Create a basic plugin
JavaScriptのみの場合は、通常、テーマコンポーネントで対応できます。 Developing Discourse Themes & Theme Components