Certamente não podemos impedir você de tentar usar o Discourse em um iframe, mas como alertado em outros tópicos… é esperado que seja frágil e problemático… e não pretendemos gastar tempo resolvendo problemas relacionados a iframes.
Pode ser mais produtivo descrever em detalhes os problemas que você enfrenta ao criar temas para o Discourse, para que possamos ajudar e/ou melhorar o processo. Melhoramos bastante a criação de temas nos últimos anos, e é algo que definitivamente queremos apoiar e aprimorar sempre que possível.
Existem elementos que são definitivamente mais difíceis de personalizar do que outros, sendo o cabeçalho um deles. Isso ocorre porque foi implementado um Virtual DOM para melhorar o desempenho (A tour of how the Widget (Virtual DOM) code in Discourse works).
Portanto, se você deseja inserir conteúdo no cabeçalho, precisará utilizar esse sistema, em vez de adicionar conteúdo antes/depois dele pela interface de administração (abordado um pouco na seção de API avançada de plugins de Developing Discourse Themes & Theme Components). Também existem alguns bons exemplos de manipulação do conteúdo do cabeçalho em componentes de tema existentes, como em Custom Header Links.