Acho que, com algumas habilidades de design, você deve conseguir fazer os dois parecerem que combinam. Por exemplo, https://www.sitepoint.com/ é WordPress e https://www.sitepoint.com/community/ é Discourse. A navegação do cabeçalho coincide (pelo menos aos olhos de um desenvolvedor como eu) e os dois têm links um para o outro. Imagino que possa ser difícil deixar os layouts idênticos (por exemplo, 2 colunas sem rodapé vs. 4 colunas com rodapé de 2 colunas, etc.), mas acho que alcançar a paridade de paleta de cores e logotipo deve ser viável com CSS. Existem algumas diferenças de funcionalidade, mas, na minha opinião, um visitante não teria grande dificuldade em perceber que os dois pertencem ao mesmo conjunto. — Nenhuma incorporação necessária.