Se você configurou Configurar um provedor de armazenamento de objetos compatível com S3 para uploads e moveu seus uploads locais para o S3, então seus uploads estão lá. Eles não são copiados porque assume-se que o S3 é copiado e o download deles é caro e geralmente desnecessário.
Se você precisar retirá-los do S3 (como se estivesse hospedado em discourse.org e estivesse se mudando para outra hospedagem), você precisará de um backup que inclua os arquivos armazenados no S3.
Por que você quer baixar seus arquivos do S3?
Sim, parece que está falhando ao baixar os arquivos do S3. Minha suposição é que ele não baixou nenhum deles, embora seja possível que seu disco esteja cheio, talvez (eu esperaria um erro de disco cheio, mas talvez não?).