それは誤った診断ではありませんか？実際に Web サーバーを稼働している Ruby プロセスではなく、新しく生成された Ruby プロセスの ENV を確認しています。
Pitchfork モールドプロセスの /proc/<pid>/environ を確認すると、そこに YJIT 環境変数が存在していることがわかります。
root@raspberrypi5:/var/discourse# cat /proc/3331660/environ | tr '\0' '\n' | grep -i yjit
RUBY_YJIT_ENABLE=1