Isso não é um diagnóstico equivocado? Você está verificando o ENV de um novo processo Ruby recém-criado, em vez do que está executando o servidor web real.
Se você inspecionar /proc/<pid>/environ do processo mold do Pitchfork, verá a variável de ambiente YJIT lá.
root@raspberrypi5:/var/discourse# cat /proc/3331660/environ | tr '\0' '\n' | grep -i yjit
RUBY_YJIT_ENABLE=1