tests-passed ブランチの場合ですが、stable を追跡している場合は 3.4.6 が正しいと思います (3.4.6: Security fix release)
互換性ファイルがあり、メインサイトがまだ対応していないプラグインから何も引き込まないようになっているはずですが、今回の件ではそれが少しうまくいかなかったのかもしれません。誰かが問題点を特定し、それを円滑に進めてくれることを願っています。
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