O único tópico que encontrei com um problema semelhante foi Unable to login into discourse suddenly - #8 by Tarek_Khalil, e o conselho foi restaurar um backup de antes da confusão da migração, o que pode não ser a melhor opção no seu caso, pois já faz algum tempo.
Receio que erros de banco de dados estejam fora da minha área de especialização. @pfaffman e @RGJ normalmente são muito bons nisso (embora eu não saiba se eles já encontraram algo assim antes). Vocês têm algum truque na manga para isso?