Não há garantias de compatibilidade com nada ao usar subpastas. É uma instalação avançada e muito pouco é testado contra ela.
Você pode usar um subdomínio diferente para sua instalação do Discourse. O SSO funcionará entre subdomínios.
O topo do guia de subpastas contém este texto:
Você precisa voltar para tests-passed para estar em um estado remotamente suportável, assumindo que seu banco de dados não esteja simplesmente corrompido agora. Reverter uma versão não é totalmente suportado.