約半年に一度、新しいStableバージョンがリリースされるので、数ヶ月待てば次回のStableバージョンリリースを待つことができます。
それで全てが元通りになるかどうかは100%確信が持てませんが、3.0.3 Stableではなく3.1.0beta4を使用していることを考えると、不安定なアップデートになる可能性もありますが、大丈夫だと思います。
または、app.ymlでtests-passedに戻して最新バージョンを使用すれば、すべて解決するはずです。念のため確認ですが、これは標準的なインストールですか？