私の具体的な状況についてのアップデートですが…ストレージをS3に切り替えたにもかかわらず、/var/discourse/shared/standalone/uploads にファイルが残っていました。そのアップロードディレクトリ内の default ディレクトリを削除し、バックアップを再作成したところ、データベースのみ（…sql.gz）のものが正常に作成されました。
何らかの理由で（私の場合は）、そのディレクトリにファイルが存在すると、バックアップにアップロードを含めないという設定を無視して、それらを anyway 作成してしまうようです。
私の状況について、さらに情報や明確化が必要な場合はお知らせください。これはOP（元の投稿者）の状況とは少し異なるようです。
いずれにしても、この問題は回避でき、現在は正常に復元できます。