FWIW, discordo: acho que no (2) editar: o caso geral de [texto](URL) (chame isso de (2a)), o URL do link deve ser reescrito da mesma forma que (1). (Concordo que o comportamento atual de reescrever o texto e não o URL está completamente quebrado.) Eu tomo a decisão entre escrever (1) e (2a) com base se acho útil ou distrativo que o URL seja visível para o leitor, não com base em qualquer intenção sobre se o link deve apontar para a versão do código como escrita ou como lida. Claro, estou ciente do problema do link permanente, então eu mesmo crio um link permanente sempre que quero um. Mas, de forma mais geral, se um administrador do Discourse decidir habilitar o bot de link permanente, presumivelmente é porque eles acham que a maioria de seus usuários não está ciente do risco de que links baseados em nomes de branch possam se tornar obsoletos, e eu não acho que o uso da sintaxe de link Markdown seja um grande sinal de que um determinado usuário está ciente do problema, mas deseja optar por não ter esse link específico reescrito.
Mas acho que ambos estamos apenas especulando aqui. Como um usuário avançado, eu não me importo muito com o padrão, desde que eu possa substituí-lo conforme necessário.