Existe se você quiser dar ao link seu próprio título em vez de tê-lo inferido do URL de destino, ou seja, [título](url). Dar um título ao link não indicaria nenhuma preferência por reescrita de URL, então concordo com @mattmccutchen que 1 e 2 devem se comportar de forma consistente para reescrita de URL.
Poderia haver um argumento para o título corresponder exatamente ao URL ser uma indicação de que ele não deve ser reescrito, mas e se um usuário quiser fornecer um título e quiser que o URL não seja reescrito? Precisa haver algum outro método para especificar isso.
Algo que me vem à mente seria um sufixo de título semelhante ao dimensionamento de imagem incorporada, embora eu não tenha certeza de como um usuário o descobriria.
Uma imagem incorporada pode ser dimensionada assim:
Portanto, o plugin discourse-github poderia (presumivelmente) ser feito para procurar algo como isto:
[título|github-no-rewrite](url)