Usando a comparação do OP (940eb28e…fc61a7c0), vejo o mesmo resultado. Adicionando mais um caractere do hash do segundo commit (940eb28e…fc61a7c0d), obtenho a comparação correta.
Minha suspeita é que isso é causado pela ambiguidade do hash do commit, ou seja, existem dois commits que começam com fc61a7c0, então ele não sabe qual usar. Não vejo isso no histórico de commits, mas pode estar órfão.
Parece que o docker_manager usa git rev-parse --short para obter os hashes para essa URL. Em teoria, isso produzirá hashes únicos começando com 7 caracteres (por padrão) de comprimento e aumentando o comprimento conforme necessário para garantir a exclusividade. No entanto, commits órfãos são ignorados ao fazer o pull, então o que o git acredita ser único em uma instância do Discourse pode não ser único no GitHub.
Isso será bastante raro, no entanto, e houve commits desde a sua postagem, então o problema provavelmente já desapareceu se você verificar as atualizações novamente.