Googlebot está recebendo versão sem javascript do site

É muito fácil fazer afirmações como a acima, especialmente quando, por sua própria admissão, você não entende o funcionamento interno nem as decisões de design que levaram ao estado atual.

Realisticamente falando, porém, você não pode garantir nada aqui, e a menos que consiga convencer alguém com as habilidades necessárias para alterar o código, isso permanecerá hipotético.

Se você tiver um orçamento para explorar isso, o Marketplace pode ser um bom ponto de partida.