Acho que você pode não ter entendido o ponto. Se você criar um plugin no GitHub e colocá-lo em um repositório privado, terá controle total sobre as modificações no Discourse (embora pela abordagem de plugin) e total propriedade e controle sobre essas alterações. Ninguém mais as verá e você não precisa temer implicações legais, pelo que sei. Tudo isso enquanto pode aproveitar as mudanças no núcleo que são suportadas.
Um plugin lhe dá a capacidade de alterar o front-end e o back-end.
Fazer um fork e modificar o Discourse vai ficar muito confuso, muito rápido, independentemente da situação legal, então não é recomendado.