Ja, !important überschreibt jedes andere CSS ohne !important… Ich erinnere mich nicht mehr genau, warum es dort steht, aber ich sollte prüfen, ob ich es entfernen kann. Funktioniert es, wenn du !important in deinem eigenen CSS verwendest?
.d-header #site-logo {
max-height: 50px !important; // <--- hier deine benutzerdefinierte Höhe
}