はい、!important は !important を含まない他の CSS を上書きします。なぜそれが含まれているのかは覚えていませんが、削除を検討すべきでしょう。ご自身の CSS に important を含めると動作しますか？
.d-header #site-logo {
max-height: 50px !important; // <-- ここにカスタムの高さを指定
}
「いいね！」 3