グループ受信トレイとアーカイブは空でも表示される

確かにバグのように見えます。グループのメールボックスを nobody に設定した場合、そのメールボックスは表示されないべきだと考えます。

回避策として、Customization > Theme component を使用してグループをクラスとして追加し、nobody に設定されたグループのメールボックスに対して各グループクラスで display: none を適用するという方法が考えられます。グループクラスを使用するよう提案するのは、CSS で一般に非表示にすると、モデレーターのグループメールボックスも隠れてしまう可能性があると思うからです。