それはありえません。./discourse-doctorは、./discourse-setupを実行するのと同じ方法で実行する必要があります。SMTPの設定のために./discourse-setupを実行しているのでしょうか、それともapp.ymlを手動で編集しているのでしょうか？変更を加えた後に再構築していますか（または./launcher destroy app; ./launcher start appを実行していますか）？
それはありえません。./discourse-doctorは、./discourse-setupを実行するのと同じ方法で実行する必要があります。SMTPの設定のために./discourse-setupを実行しているのでしょうか、それともapp.ymlを手動で編集しているのでしょうか？変更を加えた後に再構築していますか（または./launcher destroy app; ./launcher start appを実行していますか）？