Desabilitar a configuração embed unlisted não impedirá que os posts do RSS apareçam na página inicial. Há alguns detalhes sobre como essa configuração funciona no OP: https://meta.discourse.org/t/configure-the-discourse-rss-polling-plugin/156387#prevent-embedded-topics-from-being-unlisted-3. Essa configuração é um tanto confusa porque foi adicionada para resolver um problema que pode ocorrer quando comentários do Discourse são usados em um site externo. A configuração não faz muito sentido quando usada com o plugin RSS. É por isso que o OP sugere desabilitá-la.
Acho que, para o seu caso, a melhor solução será desabilitar a configuração embed unlisted e seguir o conselho de @Jonathan5 de publicar os tópicos em uma categoria que é silenciada por padrão.
Se você publicar os posts do RSS em sua própria categoria, poderá adicionar essa categoria à sua configuração digest suppress categories para impedir que os tópicos apareçam nos e-mails de resumo.