Object Storage for Uploads (S3 & Clones) の使用 に記載されているように設定すると、
rake uploads:migrate_to_s3
を実行できるようになります。s3 の使用を停止したい場合は、rails コンソールに入り、
SiteSetting.include_s3_uploads_in_backups=true
を設定します。その後、バックアップを取得し、app.yml で s3 が設定されていないことを確認して、バックアップを復元します。これにより、バックアップがローカルに復元されるはずです。
ただし、どちらの場合も、app.yml ファイルの ENV 変数にキーとバックアップバケットを設定し、新しいサイトに復元できることを確認することを推奨します。