少し混乱しているようです。
理想的なのは、すべてのアップロードをローカルで行い、バックアップ（zip）をS3に保存することだと思います。これにより、サーバーに何かあった場合にバックアップがS3で利用可能になりますが、バックアップ自体は依存関係のない自己完結型なので、新しいサーバーに簡単に復元できるはずです。
もし私の理解が正しければ、これらの指示に従うべきです。
S3の使用を停止したい場合は、railsコンソールに入り、以下のように設定します。
SiteSetting.include_s3_uploads_in_backups=true
その後バックアップを取り、app.ymlにS3が設定されていないことを確認し、バックアップを復元します。これにより、バックアップがローカルに復元されると思います。
そして
- 管理 -\u003e 設定 -\u003e ファイル で
S3へのアップロードを有効にするオプションを無効にする - 管理 -\u003e 設定 -\u003e バックアップ ページでS3へのバックアップを有効にする
これで正しいですか？
ここが混乱した点です。なぜapp.ymlファイルにS3の設定を入れたいのですか？