na verdade não é apenas a cor de fundo, é também a remoção do contêiner de conteúdo separado
quando a barra lateral e o conteúdo estão em contêineres separados, você precisa de preenchimento entre o conteúdo e as bordas dos contêineres em ambos
quando os contêineres são removidos, você só precisa de espaço entre os elementos, então você acaba cortando o preenchimento necessário pela metade
Sim, isso parece uma lacuna de 1px em media queries em algum lugar, deve ser uma correção fácil (editar: acabei de mesclar uma)