申し訳ありません。Linuxにはあまり詳しくありません。具体的に設定方法を教えていただけますか？
システム設定を直接変更したことはありません。しかし、このサーバーはHDD（最大2k IOPSから判断）で動作しているようで、ホスティングプロバイダーがスワップを制限している可能性があると考えています。
これらの操作で、言及した設定を永続的に変更できますか？
実行：
echo 'sys.kernel.mm.transparent_hugepage.enabled=never' > /etc/sysctl.d/10-huge-pages.conf
echo 'vm.overcommit_memory=1' > /etc/sysctl.d/90-vm_overcommit_memory.conf
そして、/etc/sysctl.confでvm.swapiness = 60を変更します。
現在：（すべて設定変更後に再起動しました。以下のコマンドは再起動後に実行しました）
root@iZj6cgi365ov99veqodfgnZ:~# head /proc/sys/vm/*
==> /proc/sys/vm/admin_reserve_kbytes <==
8192
==> /proc/sys/vm/compaction_proactiveness <==
20
head: '/proc/sys/vm/compact_memory' を読み込み用に開けません: 許可がありません
==> /proc/sys/vm/compact_unevictable_allowed <==
1
==> /proc/sys/vm/dirty_background_bytes <==
0
==> /proc/sys/vm/dirty_background_ratio <==
10
==> /proc/sys/vm/dirty_bytes <==
0
==> /proc/sys/vm/dirty_expire_centisecs <==
3000
==> /proc/sys/vm/dirty_ratio <==
30
==> /proc/sys/vm/dirtytime_expire_seconds <==
43200
==> /proc/sys/vm/dirty_writeback_centisecs <==
500
head: '/proc/sys/vm/drop_caches' を読み込み用に開けません: 許可がありません
==> /proc/sys/vm/extfrag_threshold <==
500
==> /proc/sys/vm/hugetlb_shm_group <==
0
==> /proc/sys/vm/laptop_mode <==
0
==> /proc/sys/vm/legacy_va_layout <==
0
==> /proc/sys/vm/lowmem_reserve_ratio <==
256 256 32 0 0
==> /proc/sys/vm/max_map_count <==
65530
==> /proc/sys/vm/memory_failure_early_kill <==
0
==> /proc/sys/vm/memory_failure_recovery <==
1
==> /proc/sys/vm/min_free_kbytes <==
45056
==> /proc/sys/vm/min_slab_ratio <==
5
==> /proc/sys/vm/min_unmapped_ratio <==
1
==> /proc/sys/vm/mmap_min_addr <==
65536
==> /proc/sys/vm/mmap_rnd_bits <==
28
==> /proc/sys/vm/mmap_rnd_compat_bits <==
8
==> /proc/sys/vm/nr_hugepages <==
0
==> /proc/sys/vm/nr_hugepages_mempolicy <==
0
==> /proc/sys/vm/nr_overcommit_hugepages <==
0
==> /proc/sys/vm/numa_stat <==
1
==> /proc/sys/vm/numa_zonelist_order <==
Node
==> /proc/sys/vm/oom_dump_tasks <==
1
==> /proc/sys/vm/oom_kill_allocating_task <==
0
==> /proc/sys/vm/overcommit_kbytes <==
0
==> /proc/sys/vm/overcommit_memory <==
1
==> /proc/sys/vm/overcommit_ratio <==
50
==> /proc/sys/vm/page-cluster <==
3
==> /proc/sys/vm/page_lock_unfairness <==
5
==> /proc/sys/vm/panic_on_oom <==
0
==> /proc/sys/vm/percpu_pagelist_high_fraction <==
0
==> /proc/sys/vm/stat_interval <==
1
==> /proc/sys/vm/stat_refresh <==
==> /proc/sys/vm/swappiness <==
60
==> /proc/sys/vm/unprivileged_userfaultfd <==
0
==> /proc/sys/vm/user_reserve_kbytes <==
50778
==> /proc/sys/vm/vfs_cache_pressure <==
100
==> /proc/sys/vm/watermark_boost_factor <==
15000
==> /proc/sys/vm/watermark_scale_factor <==
10
==> /proc/sys/vm/zone_reclaim_mode <==
0
root@iZj6cgi365ov99veqodfgnZ:~# cat /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled
always [madvise] never
うまく動作しているようです！皆さん、本当にありがとうございました！