失敗したアップデートからの復元後にCPUとディスクの使用率が高い

これは怪しいですね。原因である可能性も、ない可能性もあります。何かが(おそらく)大量のディスク読み取りを行っています。AliYunDunはクラウドプロバイダーのツールであるようです。AliYunDunMonitorは(おそらく)ディスク待機状態に陥っており、高い優先度で実行され、多くのCPU時間を消費しています。

誰かがどこかでそのようなプロセスを終了させるためのスクリプトを書いています。口調は怒っています。(そのスクリプトが安全かどうか、あるいは良い考えかどうかは言えません。)

しかし、Discourseのプロセスがすべてのディスク読み取りを行っている可能性もあります。

試してみてください

apt-get install iotop
iotop -b -d 15 -P -o

フリーズするまで監視してください。