その特定の質問に対して、未回答の質問がデータベースでNULLになると仮定すると、where.not(value: [nil]) を where(value: nil) に置き換えるだけで済みます。
また、where(value: [nil, ""]) を使用することもできます。これはSQLの WHERE (something.value IS NULL OR something.value = "") と同等であり、空文字列またはNULLを検索します。どちらが可能性が高いか、またはユーザーが空のフィールドを送信した場合にNULLから""に変更される可能性があるかどうかはわかりません。