Sim, ou s ou qualquer caractere semelhante a espaço que não seja removido. Então, se você pretende usar essas indentação regularmente, você pode criar um userscript que as insira com um atalho de teclado.
Eu tenho um que insere ou envolve minha seleção com <kbd></kbd> no meta e é bem conveniente 
No markdown, três espaços são removidos e quatro criam um bloco de código, então não há muitas opções para conseguir o que você deseja. Ou maneiras “hacks” como as descritas, ou um componente/plugin personalizado se você tiver orçamento ou souber codificar isso.